Странно, но для компонента интернет-магазина Virtuemart поисковая выдача до сих пор изобилует решениями, которые предлагают хаки (изменения файлов ядра с потерей возможности обновления). В то время как отделить тысячи пробелом в цене товара можно из админки интернет-магазина. Возможно, этот "узелок на память" пригодится ещё кому-то.

Собственно, само решение находится по пути: Компоненты - Virtuemart - Настройки - Валюта.

В списке валют находим нужную (Russian ruble). В настройках валюты есть параметр "тысячный разделитель". В этом поле нужно поставить курсор и просто ввести пробел. Сохранить и закрыть. Well done!